Prawnicy i 'profilaktycznie' - brawo. Każdy płatnik, nie tylko pracodawca ma zdefiniowane obowiązki. Wypłacając jakiekolwiek świadczenie musi stosować ustawę o PIT i przepisy wykonawcze (rozporządzenia). Nie ma tu dowolności, a więc i robienia czegoś 'profilaktycznie'. Bo dane świadczenie jest przychodem, który albo PIT w ogóle nie podlega albo jest z niego zwolnionym, albo podlega.
Jeśli podlega to w całości lub w jakimś limicie, wg. określonej stawki.
W związku z tym też albo podlega zaliczce w trakcie roku, albo dopiero w rozliczeniu rocznym wchodzi do opodatkowania, albo odprowadza się podatek zryczałtowany. Albo się go wykazuje w danym formularzu, albo nie itd.

Owszem- jeśli jest przychód nietypowy, dyskusyjny- to płatnik ma wystąpić do US o wiążącą interpretację i się do niej zastosować. Nie może swoich wątpliwości przerzucać na podatnika, żeby to on się z fiskusem 'naciągał' albo zapłacił zawyżony podatek. Co innego po prostu błąd płatnika.

Do rzeczy.

Jest więc tylko PIT 11 i owe zaświadczenie, a w PIT 11 wykazany przychód/dochód/zaliczki jedynie w wierszu 1 w cz. E oraz składki w poz. 70 i 72.

Z art. 21, ust. 1 pkt. 3 wynika, że :

- odprawa (jak rozumiem z ustawy o zw. grupowych tj. Ustawa z dnia 13 marca 2003 r. o szczególnych zasadach rozwiązywania z pracownikami stosunków pracy z przyczyn niedotyczących pracowników albo za skrócenie okresu wypowiedzenia- czyli z Kodeksu Pracy

NIE jest zwolniona z PIT, podlega opodatkowaniu i zaliczce.

- odszkodowanie z PGP - podlega zwolnieniu, nie powinno być uwzględnione w PIT 11 ani odprowadzona zaliczka. Wynika to moim zdaniem literalnie z ww zapisu ustawy :

"Wolne od podatku dochodowego są [...] otrzymane odszkodowania lub zadośćuczynienia, jeżeli ich wysokość lub zasady ustalania wynikają wprost z [...] lub przepisów postanowień układów zbiorowych pracy, innych opartych na ustawie porozumień zbiorowych, regulaminów lub statutów, o których mowa w art. 9 § 1 ustawy z dnia 26 czerwca 1974 r. – Kodeks pracy

Mimo tego błędu nie ma kwestii korygowania samego PIT 11.

Należy rozliczyć się na PIT 37, ale przy przenoszeniu kwot Przychodu i Dochodu z PIT 11 pomniejszyć je o wartość odszkodowania. I dalej normalnie rozliczyć, z ewentualnymi ulgami.
Oczywiście rozbieżność kwot w PIT 37 i PIT 11 spowoduje wezwanie US do wyjaśnień, potrzebne będzie wtedy owo zaświadczenie od pracodawcy.