To nie jest alternatywa, bo to są dwie osobne kwestie, dwa inne podatki.

W zakresie podatku dochodowego zryczałtowanego- może być wątpliwość, czy stawka 8,5 czy 5,5 %:

http://www.money.pl/forum/stawka-ryczaltu--usluga-slusarska-t2528488.html

Natomiast VAT to kwestia tego, czy mógł Pan czy nie ze zwolnienia VAT korzystać.