Obawy budzą między innymi zalegające na dnie morza substancje. Profesor Tadeusz Kasperek z Akademii Marynarki Wojennej zwraca uwagę, że gazociąg ma przebiegać między innymi przez rejony, gdzie leży zatopiona po wojnie broń chemiczna, niewykorzystana przez Niemcy. Według niego najbardziej niebezpieczny jest iperyt. Na dnie Bałtyku leży około 13 tysięcy ton tego środka.
Jochen Lamp z organizacji ekologicznej WWF Niemcy podkreśla, że przed rozpoczęciem realizacji projektu należy sporządzić pełną ocenę jego zagrożeń. Dodał, że jeżeli główny inwestor - firma Nord Stream - znajdzie rozwiązanie, które nie zaszkodzi środowisku, to budowa gazociągu może liczyć na poparcie ekologów.
Natomiast według ministra gospodarki można odnieść wrażenie, iż strona polska nie jest traktowana poważnie przez firmę Nord Stream. Piotr Woźniak zaznaczył, że od sześciu miesięcy polski rząd nie otrzymał pełnej dokumentacji w sprawie zagrożeń, przebiegu i analizy ryzyka budowy gazociągu. Dodał, że otrzymaliśmy jedynie 90-stronnicową informację.
Z kolei profesor Janina Ciechanowicz-McLean z Uniwersytetu Gdańskiego zwraca uwagę na aspekty prawne budowy gazociągu. Podkreśla między innymi, że Polska nie ma zawartej umowy o rozgraniczeniu obszarów morskich z Danią i nie otrzymuje dokumentów dotyczących gazociągu, a zdaniem pani profesor - nasz kraj powinien otrzymywać wszystkie dokumenty. Profesor Ciechanowicz-McLean podkreśliła jednocześnie, że sama idea budowy gazociągu jest jak najbardziej legalna, jednak inwestor musi przestrzegać porozumień międzynarodowych dotyczących Morza Bałtyckiego.
