Profesor Gieysztor napisał ponad 500 prac naukowych. Wiele uniwersytetów przyznało mu tytuł doktora honoris causa, wśród nich uniwersytety w Bordeaux, Budapeszcie, Paryżu, Moskwie, Oxfordzie i Poznaniu oraz KUL.
Aleksander Gieysztor pełnił funkcję stałego konsultanta prac nad Atlasem Historycznym Chrześcijaństwa w Polsce i Europie środkowo-Wschodniej. Przez wiele lat przewodniczył Radzie Naukowej Instytutu Geografii Historycznej Kościoła w Polsce, Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego.
Był jednym z 34 wybitnych polskich intelektualistów, którzy podpisali się pod listem przekazanym w marcu 1964 roku premierowi Józefowi Cyrankiewiczowi, w proteście przeciwko działaniom cenzury. W 1989 roku uczestniczył w obradach Okrągłego Stołu.
Od 2000 roku corocznie jest wręczana Nagroda im. Aleksandra Gieysztora, przyznawana przez Fundację Bankową im. Leopolda Kronenberga instytucjom lub osobom prywatnym za szczególne osiągnięcia na rzecz dziedzictwa kulturowego.