Jak zauważył jednak w rozmowie z IAR, Traktat nie jest dokumentem dogmatycznym i ciągle trzeba go ulepszać. Arcybiskup Kowalczyk zaznaczył, że sam był zaangażowany w negocjacje przystąpienia Polski do Karty Praw Podstawowych w ograniczonym zakresie, co jest dla nas ogromnie ważne. Dodał, że teraz obowiązkiem wszystkich, którzy Polskę stanowią jest wkładanie wysiłku intelektualnego i duchowego w ulepszanie Traktatu, by był jak najbardziej zbliżony do wartości, które leżały u podstaw założycieli Unii Europejskiej.
Proszony o komentarz do stanowiska czeskiego prezydenta Vaclava Klausa w sprawie Traktatu, który chce uzupełnienia treści dokumentu uwagami, odnoszącymi się do Karty Praw Podstawowych, arcybiskup Kowalczyk powiedział, że każde państwo w tej sprawie podejmuje autonomiczną decyzję.
Polski prezydent ratyfikował Traktat Lizboński po 557 dniach od przyjęcia przez Sejm - tak jak zapowiadał, po przyjęciu Traktatu przez Irlandię.
