Swą wizytę Benedykt XVI rozpoczął od modlitwy przy szklanym sarkofagu świętego, który odwiedziło do tej pory ponad sześć milionów pielgrzymów. Ziemskie szczątki ojca Pio wystawione są od ponad roku na widok publiczny i oddanie im hołdu jest głównym celem papieskiej wizyty w San Giovanni Rotondo. Spadkobierców zakonnika - ogłoszonego przez Jana Pawła II w 1999 roku błogosławionym, a trzy lata później świętym - jego następca przestrzegł przed "niebezpieczeństwem aktywizmu i sekularyzacji", gdy w natłoku zajęć, związanych z przyjmowaniem pielgrzymów czy opieką nad chorymi, mogą "zaniedbać to, co jest naprawdę niezbędne - słuchania Chrystusa, ażeby wypełniać wolę Boga". Papież podkreślił, że ten prosty człowiek, pochodzący z nizin, stał się narzędziem bożej miłości do ludzi, przebaczenia, pojednania i czynnej solidarności z cierpiącymi. Mimo to, dodał Benedykt XVI, ojciec Pio nie był "wyalienowany", ani nie utracił własnej osobowości, gdyż "Bóg nie anuluje nigdy tego, co ludzkie".
Przed południową modlitwą Anioł Pański papież mówił o nabożeństwie zakonnika do Matki Bożej i zawierzył jej szczególnie pacjentów szpitala "Dom ulgi w cierpieniu", który odwiedzi wieczorem przed powrotem do Watykanu. Z San Giovanni Rotondo Benedykt XVI pozdrowił uczestników odbywających się w Giżycku uroczystości milenijnych ku czci świętego Brunona z Kwerfurtu.
