Najbardziej zagrożony jest 100-kilometrowy odcinek między Jeziorem Galilejskim a Morzem Martwym. Izrael, Jordania i Autonomia Palestyńska wypompowały ponad 98 procent wody i jednocześnie wypuszczają do rzeki ścieki. Oznacza to, że do końca przyszłego roku Jordan wyschnie. Brak świeżej wody doprowadził do zniszczenia ekosystemu. Wyginęły raki, węże, małże i owady - w sumie około 50 bezkręgowców. Wymiera także roślinność, gdyż rzeka od dziesięciu lat nie wylewa.
Ekolodzy mówią, że Izrael, Jordania i Autonomia Palestyńska mogą uratować rzekę i Morze Martwe, w którym poziom wody spadł o jedną trzecią. Na początek muszą naprawić cieknące rury i zakryć zbiorniki, aby zapobiegać parowaniu wody. Powinny też podnosić świadomość mieszkańców, skłonić ich do podlewania ogrodów wodą użytą wcześniej w gospodarstwach domowych.
