Liderzy prawicowej, koalicyjnej Obywatelskiej Partii Demokratycznej, która dysponuje większością w senacie postanowili sprawdzić, czy założenia Traktatu są zgodne z czeską ustawą zasadniczą. Po burzliwej 5-godzinnej debacie za przesłaniem Traktatu do Trybunału Konstytucyjnego w Brnie głosowało 48 z 70 senatorów. Premier Mirek Topolanek powiedział, że ma wiele zastrzeżeń, zwłaszcza do Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej. Aleksander Vondra wicepremier do spraw europejskiej integracji dostrzegł aż 50 niezgodności między założeniami Traktatu Lizbońskiego a czeską konstytucją.
Niższa Izba czeskiego parlamentu rozpoczęła ratyfikację 20 marca. Traktat przeszedł w pierwszym czytaniu i został przesłany do parlamentarnych komisji. Stanowisko senatu opóżni proces ratyfikacji o wiele miesięcy. Na orzeczenia Trybunału czeka się bowiem bardzo długo. Ratyfikacji przeciwny jest również prezydent Vaclav Klaus, który uważa Traktat za "nieudolny projekt konstytucji europejskiej". Klaus zastrzegł jednak, że będzie respektował wolę czeskich deputowanych, a co za tym idzie - decyzję Trybunału.
