Rokita przewodniczył komisji, która na początku lat 90 tych potwierdziła istnienie takich grup tzw. sekcji "D". W raporcie z jej prac znalazło się nawet ich określenie jako gangu działającego wewnątrz MSW.
Polityk zwrócił uwagę, że mimo iż sprawa jest znana od 15 lat, nie znalazła sądowego finału. Jego zdaniem istniała i istnieje w tej sprawie zmowa w prokuraturze.
Jan Rokita powiedział, że gdy wraz z innymi posłami zapoznawał się ze sprawą, to jako niedawni opozycjoniści wiedzieli o metodach i skutkach działań sekcji "D", ale byli zdziwieni jej miejscem w legalnej strukturze MSW.
W sierpniu 1989 roku sejm powołał Komisję Nadzwyczajną do Zbadania działań Ministerstwa Spraw Wewnętrznych . Kierował nią właśnie Jan Rokita , w 1991 roku komisja przedstawiła raport ze swoich prac, gdzie znalazły się informacje o działaniach grupy "D". W 2003 roku IPN opublikował nazwiska funkcjonariuszy sekcji "D" dzialającej przy departamecie IV MSW przeciwko Kościołowi.
