Zdaniem historyka Instytutu Pamięci Narodowej prawdopodobne jest, że jeden z ówczesnych rezydentów PRL-owskiej ambasady w Watykanie wpisał księdza Kowalczyka jako kontakt informacyjny. Jan Żaryn zauważa, że w tym czasie nastąpiła intensyfikacja rozmów między Stolicą Apostolską, a komunistycznym rządem". "To musiało skłaniać do poszukiwania dróg kontaktu mniej lub bardziej formalnych z ważnymi postaciami Stolicy Apostolskiej" - mówi historyk.
Jego zdaniem także wielu innych hierarchów mogło być w podobny sposób wpisanych przez komunistyczny wywiad jako "kontakty informacyjne". "Nie można jednak zakładać, że żadna z takich osób nie pełniła takiej czy innej działalności agenturalnej - zaznacza Jan Żaryn.
Grupa ekspertów badających dokumenty IPN na temat księdza Kowalczyka podkreśliła w oświadczeniu, że do jego obowiązków podczas pracy w Watykanie należały między innymi rozmowy z przedstawicielami władz PRL, w tym z ich urzędowymi reprezentantami w Rzymie.
