Władze tej organizacji uważają, żę resort naruszył ład korporacyjny w Radzie Fundacji, poprzez zwiększenie liczby jej członków z 13 do15.
Prezes Funduszu profesor Maciej Nowicki wyjaśnił, że decyzje w Radzie zapadają większością dwóch trzecich głosów. Do tej pory panowała w niej równowaga między liczbą członków polskich i przedstawicielami donatorów. Minister Skarbu doprowadził do sytuacji, w której Polacy zdominowali donatorów, i teraz mogą przegłosować co chcą nie licząc się ze zdaniem tych, którzy dają pieniądze.
Dodatkowo Minister Skarbu spraliżował prace Ekofunduszu, bo do tej pory nie zatwierdził planu finansowego za ostatni rok, choć miał czas do końca grudnia. W związku z tym Rada fundacji nie może rozpatrywać wnisków o dotacje.
W przesłanym IAR oświadczeniu ministerstwo skarbu zaznacza, że do zmian w zarządzie EkoFunduszu musiało dojść, bo dotychczasowy nie wywiazywał się z powierzonych mu działań. Potwierdzeniem tego jest brak realizacji planu finansowego przez 3 lata z rzędu oraz pobieranie w tym czasie wysokiego wynagrodzenia, niezgondego z obowiązującym prawem. Chodzi o łamanie tak zwanej ustawy kominowej.
EkoFundusz od 1992 roku zarządza pieniędzmi pochodzącymi z redukcji polskiego zadłużenia zagranicznego. ęłęóDonatorami są Stany Zjednoczone, Francja, Szwajcaria, Włochy i Norwegia. Fundacja dotuje inwestycje ekologiczne
