Chociaż UOKiK zastrzegł, że nie badał właściwości leczniczych leków homeopatycznych, a jedynie zachowanie Naczelnej Izby lekarskiej, jako monopolisty na rynku to samorząd lekarski zarzuca podjęcie decyzji w kwestiach medycznych. Według Naczelnej Rady Lekarskiej, prezes Urzędu porównał leki homeopatyczne do innych sprawdzonych i skutecznych leków terapeutycznych. Zdaniem członków Rady i obecnych na konferencji prasowej prawników Urząd nie powinien wypowiadać się w kwestiach medycznych, bo nie zajmuje się leczeniem ludzi.
Naczelna Rada Lekarska utrzymuje, że leki homeopatyczne działają na zasadzie placebo i nie spełniają kryteriów nowoczesnej medycyny. Chodzi o to, że homeopatia nie jest metodą leczniczą prowadzącą do skutecznego wyleczenia a w przypadkach wielu groźnych chorób może nawet zagrażać życiu. Członkowie Rady Lekarskiej twierdzą, że nie jest możliwa zmiana stanowiska w tej sprawie.
W uzasadnieniu wniosku dotyczącego odwołania samorząd lekarski zwróci uwagę na to, że nie miał szansy wypowiedzenia się w tej sprawie przed podjęciem decyzji przez UOKiK oraz na to, że ta decyzja nie dotyczy kwestii gospodarczych ale medycznych.
