Piotr Kownacki wypowiadał się również na temat instrukcji, dotyczącej stanowiska prezydenta w czasie rozmów o powołaniu nowego sekretarza generalnego NATO. Ministrowie twierdzą, że Lech Kaczyński nie dostosował się do niej i od razu poparł kandydaturę Andersa Fogha Rasmussena.
Jak wyjaśnił szef Kancelarii Prezydenta pisma, które minister Radosław Sikorski określił mianem "stanowiska rządu", nie można w taki sposób traktować. Piotr Kownacki zaznaczył, że stanowisko rządu to stanowisko Rady Ministrów - musi być poprzedzone posiedzeniem Rady Ministrów. Piotr Kownacki dodał, że Polska dyplomacja nie prowadziła żadnej gry w sprawie stanowiska szefa NATO.