Zdaniem indyjskiego wywiadu, terroryści przybyli z Pakistanu drogą morską. Oświadczenia indyjskiego premiera oraz przedstawicieli wywiadu wywołały gwałtowną reakcję Islamabadu. Twierdzeniom Delhi zaprzeczył zarówno przebywający w Indiach minister spraw zagranicznych Pakistanu, jak i minister obrony tego kraju. Pakistański prezydent Asif Ali Zardari potępił zdecydowanie sprawców masakry w Bombaju. Komentatorzy w Indiach, choć nie negują wersji przedstawionej przez Manmohana Singha i indyjski wywiad, podkreślają, iż należy odróżnić terrorystów działających z terytorium Pakistanu od elit politycznych tego kraju. Zdaniem indyjskich analityków Pakistanowi nie zależy obecnie na pogorszeniu stosunków z Indiami.