Wątpliwości Lecha Kaczyńskiego budzą artykuły, które dają szerokie uprawnienia Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Ustawa nakłada obowiązek przekazywania ABW nie tylko informacji o zagrożeniach o charakterze terrorystycznym, lecz również zagrożeniach dotyczących działań, które mogą prowadzić do zagrożenia życia lub zdrowia ludzi, mienia w znacznych rozmiarach, dziedzictwa narodowego lub środowiska. Zdaniem prezydenta zapis ten nie jest wystarczająco precyzyjny. Podobnie jak artykuł mówiący o tym, że ABW może zlecać niektóre swoje zadania "innym instytucjom". Nowelizacja nie precyzuje, o jakie instytucje chodzi.
Mając na uwadze znaczenie ustawy dla bezpieczeństwa obywateli, Lech Kaczyński nie zdecydował się na zawetowanie całej nowelizacji.
Nowelizacja ustawy przewiduje sporządzenie Krajowego Planu Zarządzania Kryzysowego. Plan miał być poprzedzony przez raport, nad którym pracować mają między innymi przedstawiciele rządu. Dodatkowo prace nad dokumentem miały być koordynowane przez dyrektora Rządowego Centrum Bezpieczeństwa, a w części dotyczącej zagrożeń o charakterze terrorystycznym - szef Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego.
