Według propozycji resortu rektorem uczelni publicznej będzie mogła zostać osoba po doktoracie z wykształceniem menedżerskim. Budzi to wiele kontrowersji w środowisku akademickim. Obecnie w publicznych szkołach wyższych rektora wskazują w głosowaniu przedstawiciele całej społeczności akademickiej. Wiele uczelni zastrzega w statutach, że rektorem może zostać jedynie samodzielny pracownik naukowy. Zwykle jest to profesor od lat związany z daną szkołą.
Minister nauki Barbara Kudrycka tłumaczyła na konferencji prasowej, że reforma dopuszcza dwa tryby powoływania rektorów - tradycyjny i konkursowy.
Trzecia, ostatnia część założeń reformy szkolnictwa wyższego w Polsce, zaprezentowana przez minister Kudrycką, zakłada ponadto wyłanianie najlepszych ośrodków badawczych w Polsce, budowanie lepszych relacji między uczelniami a biznesem oraz rozszerzenie kompetencji rektorów uczelni. W styczniu i lutym resort przedstawił dwa pakiety, dotyczące poprawy sytuacji studenta i zmian w ścieżce kariery akademickiej.
Ministerstwo nauki skierowało już do konsultacji społecznych założenia reformy szkolnictwa wyższego w Polsce. Minister Kudrycka nie spodziewa się jednak, by zmiany mogły obowiązywać już od nowego roku akademickiego.