Sędzia Zbigniew Cieślak uzasadnia w zdaniu odrębnym, że ustawa lustracyjna nie łamie konstytucji. Według Cieślaka ustawodawca ma obowiązek zmierzenia się z trudną historią w imię dobra społeczeństwa. Sędzia napisał, że składanie oświadczeń lustracyjnych nie jest obowiązkiem nazbyt uciążliwym, ani nadmiernym.
Sędzia Maria Gintowt-Jankowicz, która uważała, że ustawa była zgodna z konstytucją napisała, że do takiej opinii skłania ją zasada domniemania konstytucyjności kwestionowanej ustawy oraz względnej swobody ustawodawcy.
Bohdan Zdziennicki w swoim zdaniu odrębnym uznał, że cała ustawa narusza konstytucję, bo uchwalono ją z naruszeniem zasad dobrej legislacji. Podkreślił, że nowelizacja weszła w życie wcześniej niż sama ustawa, co łamie standardy ustawy zasadniczej.
Sędzia Teresa Liszcz uważała, że uznaniowość decyzji prezesa IPN w sprawie dopuszczenia dziennikarzy i naukowców do akt Instytutu nie łamie ustawy zasadniczej.
Sędzia Wojciech Hermeliński złożył zdanie odrębne w sprawie zakresu funkcji objętych lustracją. Jego zdaniem lustracja powinna obejmować współpracę z cenzurą i urzędem do spraw wyznań, oraz powinna dotyczyć naukowców i dziennikarzy.
