Podczas ostatniej nocy w stolicy , trumny spoczywały w Archkatedrze św. Jana, gdzie całą noc trwało czuwanie. Rozpoczęło się ono wieczorem po mszy św. odprawionej w intencji Lecha i Marii Kaczyńskich przez metropolitę warszawskiego abp. Kazimierza Nycza. Przez całą noc ludzie stali w kolejce, by oddać ostatni hołd prezydenckiej parze - sięgała ona chwilami aż do Barbakanu.
Krótko po szóstej rano, warszawska Archikatedra św. Jana została zamknięta, a po przybyciu rodziny prezydenckiej pary, metropolita warszawski arcybiskup Kazimierz Nycz odprawił krótkie nabożeństwo pożegnalne.
Po godz. 7 rano, w asyście policji, ruszył spod archikatedry kondukt wiozący trumny. Przejechał ulicą Świętojańską, przez Plac Zamkowy, ulicą Senatorską przez Plac Bankowy, Aleją Solidarności, a następnie ulicami: Towarową, Grzybowską, Prostą, przez Plac Zawiszy a potem Raszyńską, Żwirki i Wigury, by w końcu dotrzeć na wojskowe lotnisko Okęcie.
Od wczesnego rana na ulicach Warszawy gromadzili się ludzie, pragnący pożegnać prezydenta z małżonką. Na trasie konduktu zebrały się setki ludzi, którzy obrzucali kwiatami karawany, eskortowane przez policjantów na motocyklach.
Trasa konduktu ułożona została tak, by przejechał on obok ważnych dla prezydenta Lecha Kaczyńskiego miejsc. Jak mówił prezydencki minister Jacek Sasin miało to być symboliczne pożegnanie pary prezydenckiej z Warszawą. Kondukt przejechał więc obok warszawskiego Ratusza i Muzeum Powstania Warszawskiego. Lech Kaczyński, który pełnił urząd prezydenta Warszawy w latach 2002-2005, był inicjatorem utworzenia Muzeum.
Krótko po 9 -tej samolot z trumnami prezydenckiej pary wylądował na krakowskim lotnisku Balice.