Do niedawna Witold Waszczykowski był głównym negocjatorem umowy w sprawie tarczy antyrakietowej. W wypowiedziach dla mediów zarzucał premierowi Donaldowi Tuskowi i ministrowi spraw zagranicznych Radosławowi Sikorskiemu kierowanie się w rozmowach z Waszyngtonem interesem partyjnym, a nie racją stanu. Zdaniem byłego wiceministra, politycy Platformy Obywatelskiej nie chcieli, aby podpisanie umowy stało się zasługą prezydenta Lecha Kaczyńskiego, przeciągali więc rozmowy z Amerykanami.
Po wywiadzie dla "Newsweeka", w którym - zdaniem ekipy rządzącej - zdradził poufne informacje o rozmowach z Amerykanami, został odwołany z funkcji negocjatora.
W mediach pojawiły się wtedy informacje, że Waszczykowski znajdzie posadę w Kancelarii Prezydenta lub właśnie w BBN. Mówiło się także o jego konflikcie z ówczesną sekretarz stanu Anną Fotygą, jeszcze z czasów ich wspólnej pracy w MSZ.
"Dziennika" donosił, że informacja o tym, iż Lech Kaczyński zamierza zatrudnić w Pałacu Prezydenckim Witolda Waszczykowskiego była bezpośrednią przyczyną rezygnacji Anny Fotygi z funkcji szefa Kancelarii Prezydenta.