Prokuratura oskarżyła Jan Parysa i trzy inne osoby - byłych członków Zarządu Fundacji o wyrządzenie znacznej szkody majątkowej dla osiagnięcia własnej korzyści. W 2003 roku Najwyższa Izba Kontroli ustaliła, że oskarżeni pobrali niezgodnie z prawem ponad 400 tysięcy złotych tytułem premii kwartalnych. Grozi im za to kara od 6 miesięcy do 8 lat więzienia.
W mowie końcowej prokurator zażądał dla oskarżonych kary dwóch lat więzienia w zawieszeniu na 5 lat. Oskarżenie domaga się też, by sąd nałożył na Jana Parysa i pozostałych obowiązek naprawienia szkody i zwrot pieniędzy.
Oskarżeni twierdzą, że są niewinni i nie złamali prawa. Ich wystąpienia końcowe były bardzo podobne. Przed sądem przekonywali, że przyzanie nagród nastąpiło w drodze uchwał Zarządu Fundacji i nigdy nie były "kwestią sporną". Twierdzą też, że nagrody i premie nie uszczupliły środków przeznaczonych na rzecz działalności Fundacji. W mowie końcowej zgodnie mówili, że pretensji ani uwag o charakterze prawnym nie miał też niemiecki odpowiednik Fundacji, który przeznaczał część funduszy na Polsko-Niemiecką Fundację.
