Machulski zagrał około 70 ról teatralnych oraz 45 filmowych. Wystąpił w takich filmach jak: "Ostatni dzień lata", "Rękopis znaleziony w Saragossie", "Lalka", "Rzeczpospolita babska", "Sublokator", "Psy".
W 1981 roku po raz pierwszy zagrał w filmie swojego syna - reżysera filmowego Juliusza Machulskiego. Był to film "Vabank", w którym Machulski wcielił się w postać Henryka Kwinto. W kolejnych latach wystąpił w następnych filmach syna, między innymi: "Kingsajz", "Deja vu", "Kiler", "Vinci".
Jan Machulski jest również znany najmłodszej widowni - wcielił się w postać pana Samochodzika w "Wyspie złoczyńców" i zagrał w filmie "Podróż za jeden uśmiech".
W latach 70-tych i 80-tych zrealizował szereg ambitnych teatralnych projektów reżyserskich. Wyreżyserował między innymi "Antygonę", "Hamleta" i "Sen nocy letniej", oraz sztuki własnego autorstwa - "Lęk", "Niebezpieczne zabawy".
Jan Machulski został uhonorowany wieloma wyróżnieniami. Przyznano mu Złoty Krzyż Zasługi. W 2002 roku podczas VII Festiwalu Gwiazd w Międzyzdrojach odcisnął dłoń na Promenadzie Gwiazd, a rok później otrzymał "Specjalną Żabą" - nagrodę operatorów dla polskiego aktora podczas Festiwalu Camerimage 2003.