Trochę niejasne o co Panu chodzi.
Ale oba te dochody podlegają PIT, od obu są odprowadzane zaliczki podatkowe, a w ostatecznym rozliczeniu rocznym (PIT 37) dochody te łączy się i od sumarycznego oblicza podatek, z czego na ogół wynika różnica względem sumy zaliczek, następuje zwrot lub dopłata podatku.
Innymi słowy NIE jest tak, że zlecenie jest od podatku wolne, bo opodatkowany jest już etat.
Od obu płatników- pracodawcy i od zleceniodawcy powinien Pan otrzymać najpóźniej do końca lutego przyszłego roku PIT-y 11 "dodać" je w rocznym PIT 37 do siebie.

Ps. sprawa komplikuje się, gdy zleceniodawca jest osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej, bo wtedy nie jest on płatnikiem, zaliczki musi obliczać i opłacać Pan sam, a rozliczenia rocznego dokonać na PIT 36.