Nie. To, że sprzedający jest
VAT-owcem sprawia, że transakcja ta jest zwolniona z PCC, który musiałaby Pani zapłacić kupując auto od Jana Nowaka niebędącego podatnikiem
VAT.
Faktura zaś dokumentuje koszt, który mogłaby Pani wykazać, gdyby zechciała auto sprzedaż przed upływem "6 miesięcy" a więc podlegając co do zasady PIT od dochodu.