Nie ma się co dogadywać, bo kwestie te jasno regulują art. 87 do 91 Kodeksu Pracy i wg. nich postępować będą kadry dokonując potrąceń z wynagrodzenia.
Podstawa:
http://prawo.money.pl/kodeks/pracy/dzial-trzeci-wynagrodzenie-za-prace-i-inne-swiadczenia/rozdzial-ii-ochrona-wynagrodzenia-za-prace