to nie będzie aż tak trudne. Sprzedaż będziesz wpisywała tak jak teraz tylko w kwotach netto - do ewidencji sprzedaży. Do rejestru sprzedaży vat - kwoty vatu. Do rejestru zakupów vat - kwoty vatu z faktur zakupowych w dacie zakupu oprócz fv za media tzn. elektryczność, telefon, woda , ścieki itp które wpiszesz w dacie zapłaty. Suma vatu należnego /ze sprzedaży/ minus suma vatu naliczonego / z zakupów/ to vat do zapłaty w US. Jeśli będzie to liczba ujemna, to vat przenosisz do następnego miesiąca.
Trochę inaczej będzie przy zakupie czy sprzedaży środków trwałych, ale o to pytaj na bieżąco - wtedy kiedy taka sytuacja będzie miała miejsce.