Muzeum zostało powołane przez Radę m.st. Warszawy na podstawie porozumienia z 2005 r., zawartego pomiędzy Ministrem Kultury i Dziedzictwa Narodowego, prezydentem m.st. Warszawy, dyrektorem Muzeum Historycznego m.st. Warszawy i proboszczem Katedry Polowej Wojska Polskiego.

Inwestycję współfinansowały: miasto stołeczne Warszawa - 4,5 mln zł oraz Ministerstwo Kultury - 1,5 mln zł. 6,8 mln zł pochodzi z funduszy unijnych. Projekt adaptacji podziemi katedry na muzeum realizował Stołeczny Zarząd Rozbudowy Miasta

Otóż to- ani grosza od strony kościelnej, choć to jej udziałowi w militarnej historii Polski jest muzeum poświęcone. Nieładnie. Zresztą tak samo, jak z finansowaniem kapelanów z budżetu MON.