Poszukałem trochę w Internecie i z tego co się dowiedziałem, wynika że będę mógł uniknąć oddania VATu do Urzędu Skarbowego:

1. Najpierw przechodzę na zwolnienie podmiotowe i nie muszą przy tym zwracać VATu naliczonego:
"Bardzo istotne jest także to, że korekty tej nie dokonuje się, jeżeli od końca okresu rozliczeniowego, w którym wydano towary lub usługi do użytkowania, upłynęło 12 miesięcy."
http://www.podatki.egospodarka.pl/53032,Powrot-do-zwolnienia-a-korekta-VAT,2,65,1.html

2. Później będąc już na zwolnieniu podmiotowym likwiduję działalność i również nie będę musiał zwrócić VATu naliczonego:
"Maria N. przez kilka lat była czynnym podatnikiem VAT. Jej obroty jednak zmalały na tyle, że w 2006 r. wybrała zwolnienie podmiotowe od VAT dla drobnych przedsiębiorców. Na dzień likwidacji działalności ma na stanie samochód ciężarowy, przy zakupie którego odliczyła VAT naliczony. Co prawda zgodnie z art. 96 ust. 6 ustawy jako podatnik VAT zarejestrowany ma obowiązek zgłosić zaprzestanie działalności urzędowi skarbowemu (na druku VAT-Z ), ale nie zapłaci żadnego podatku, bo korzysta ze zwolnienia i przepisy dotyczące opodatkowania towarów w razie likwidacji działalności nie mają do niej zastosowania (art. 14 ust. 2 ustawy o VAT)."
http://www.rzeczpospolita.pl/dodatki/firma_061102/firma_a_1.html

Czy jest w tym jakiś haczyk?