W styczniu 2003 roku prokuratura umorzyła śledztwo, a urząd skarbowy rzekome zaległości podatkowe wynoszące 27,7 miliona złotych plus odsetki.
Niecały rok później Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok uchylający decyzje organów skarbowych, zarzucające spółce Optimus obejście prawa podatkowego. Sprawa dotyczyła wysyłania przez Optimus komputerów na Słowację, by mogło je stamtąd importować z powrotem do Polski - już bez VAT-u - Ministerstwo Edukacji Narodowej.
W lipcu 2002 roku policjanci z Centralnego Biura Śledczego wdarli się do krynickiego domu Romana Kluski oraz domów jego współpracowników. W kajdankach przywieziono ich do Krakowa, zatrzymano w policyjnym areszcie i przesłuchiwano w Prokuraturze Apelacyjnej. Zatrzymano im paszporty.
Śledztwo w sprawie prowadził od połowy 2002 roku wydział do spraw przestępczości zorganizowanej Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie. Jej zdaniem firma Optimus zastosowała mechanizm wyłudzania podatku VAT. Tymczasem Kluska twierdzi, że działania firmy były w świetle prawa całkowicie legalne i opierały się na przepisie zwalniającym z VAT-u wyłącznie importowane komputery, co powodowało, że były one około 30 procent tańsze od produkowanych w Polsce.
W toku śledztwa prokuratura zastosowała wobec Romana Kluski poręczenie majątkowe w wysokości 8 milionów złotych i zabezpieczyła jego majątek na poczet ewentualnych przyszłych roszczeń w wysokości 30 milionów złotych.
Były właściciel Optimusa uważa, że jego zatrzymaniu w lipcu 2002 roku towarzyszyła demonstracja siły przez państwo.
W lutym 2003 roku powiedział w wywiadzie prasowym, że ktoś proponował mu płatną protekcję w zamian za umorzenie sprawy. Stwierdził publicznie, że działaniom tam towarzyszyły anonimowe telefony z propozycjami umorzenia sprawy przez "osobę, która może wszystko". Krakowska Prokuratura Apelacyjna z urzędu wszczęła śledztwo w sprawie propozycji łapówkarskiej.
Firmę Optimus Roman Kluska założył w 1988 roku. Dwa lata później zarobił pierwszy milion dolarów, a Optimus stał się firmą, która dostarczała najwięcej komputerów na polski rynek. Kluska nawiązał współpracę z potentatami na światowym rynku komputerowym, między innymi z IBM, Microsoftem i Intelem. W 2000 roku Kluska sprzedał własne i żony akcje firmy za 262 miliony złotych.
W ubiegłym roku Roman Kluska został laureatem Nagrody Kisiela w kategorii "przedsiębiorca" za "walkę z bezprawiem".