Najważniejsze różnice dotyczyły notatki Zbigniewa Siemiątkowskiego.
Zygmunt Kapusta zeznał, że otrzymał od Ryszarda Stefańskiego polecenie wszczęcia na podstawie tej notatki postępowania z artykułu kodeksu karnego dotyczącego działań na szkodę spółki. Kapusta zeznał też, że Stefański polecił mu pilnie dokonać czynności związanych z tym postępowaniem takich jak zabezpieczenie dokumentów PKN Orlen i przesłuchanie świadków.
Stefański z kolei, zeznając w Prokuraturze Katowicach, twierdził, że nie miał do czynienia z notatką UOP-u, potem przed komisją przypomniał sobie jednak, że miał.
"Jeżeli zarówno prokuratura jak i komisja śledcza, po ewentualnym dokonaniu konfrontacji obu świadków, ustali, że rozbieżności w zeznaniach są oczywiste, to wtedy na pewno podejmę bez zbędnej zwłoki odpowiednie kroki" - powiedział minister sprawiedliwości w Programie Trzecim Polskiego Radia
"Jeżeli którykolwiek z prokuratorów mijał się z prawdą to poniesie konsekwencje służbowe" - dodał Andrzej Kalwas.