Tadeusz Witkowski opiera swoją wiedzę na dokumentach znajdujących się w Instytucie Pamięci Narodowej, które zbadał. Jego zdaniem nie mogą one być sfałszowane.
Zdaniem doktora Witkowskiego, motywy księdza mogły wynikać z jego ambicji, bo z akt wyłania się jednoznaczny obraz jego osoby.
Doktor Witkowski wyjaśnia, że w dokumentach znalezionych w IPN są dowody na to, że ksiądz Czajkowski informował na temat działań księdza Popiełuszki. Witkowski jest jednak przekonany, że ksiądz Czajkowski nie chciał, aby doszło do zabójstwa.
Tadeusza Witkowskiego najbardziej poraził w czytanych materiałach dokument dotyczący rezygnacji ze współpracy z SB księdza Czajkowskiego. Witkowski mówi, że ksiądz zrozumial, że zabrnął w "ślepą uliczkę" i nie da się paktować "z diabłem"
"Życie Warszawy" powołując się na wyniki badań doktora Witkowskiego napisało, że ksiądz profesor Michał Czajkowski przez ponad 20 lat był agentem bezpieki. Jeden z najbardziej znanych polskich duchownych, obecnie współprzewodniczący Polskiej Rady Chrześcijan i Żydów oraz współpracownik "Tygodnika Powszechnego" miał być w latach PRL jednym z najcenniejszych agentów SB.
