Kulesza polecił przeniesienie tego śledztwa do katowickiego oddziału Komisji Ścigania Zbrodni Przeciwko Narodowi Polskiemu IPN.
Jak wyjaśnił profesor Kulesza Witkowski był przesłuchiwany w 93 roku w sprawie zabójstwa Popiełuszki w procesie przeciwko generałom SB Ciastoniowi i Płatkowi. To wyklucza go jako prokuratora, który miałby obecnie odbierać zeznania w sprawie sprawców kierowniczych. Poza tym prokurator Witkowski koncentrował się na drobiazgowym odtwarzaniu wydarzeń. Tymczasem - podkreśla Kulesza - chcąc odpowiedzieć na pytanie, kto był inspiratorem zbrodni trzeba oderwać się od szczegółowej rekonstrukcji wydarzeń.
Także prezes Instytutu Pamięci Narodowej Leon Kieres powiedzial IAR, że od dłuższego czasu dystansował się wobec śledztwa, prowadzonego przez prokuratora Witkowskiego. "Odkładanie w nieznaną mi przyszłość przesłuchań osób, które mogły planować zbrodnię, nie najlepiej wróży temu śledztwu" - powiedział profesor Kieres. Wyraził nadzieję, że teraz śledztwo będzie skuteczne.
Prokurator Andrzej Witkowski oświadczył, że nie może komentować decyzji przełożonych.
Raz już, w 1991 roku Andrzej Witkowski został odsunięty, przez prokuratora generalnego, od śledztwa w sprawie inspiratorow zabójstwa Popiełuszki. Wtedy mówilo się o tym, że prokurator Witkowski był bliski wskazania winnych, znajdujących się w 1984 roku wyżej w hierarchii MSW niż Ciastoń i Płatek. Jednak po blisko trzyletnim sledztwie IPN nazwiska inspiratorów nadal nie zostały ustalone.