W wywiadzie dla radiowej Trójki Łopuszański wyraził przekonanie, że Radio Maryja jest obiektywne. Tam każdy ma swobodę wypowiedzi - twierdzi gość Polskiego Radia.
Według posła Łopuszańskiego zarzuty pod adresem rozgłośni ojca Rydzyka i ataki na nią są nieuprawnione. Odniósł się w ten sposób do listu Lecha Wałęsy do biskupów. Były prezydent domaga się usunięcia ojca Rydzyka ze stanowiska szefa Radia Maryja. Wałęsa napisał, że obecność wątków antysemickich i ksenofobicznych w programach Radia Maryja oraz instrumentalne traktowanie nauczania i osoby Jana Pawła Drugiego jest sprzeczne z chrześcijańskim systemem wartości.
Jan Łopuszański twierdzi tymczasem, że Radio Maryja jest prawdziwie katolickim głosem w polskich domach.