Popierany przez SLD prezydent Majchrowski w artykule opublikowanym 25-ego marca w "Gazecie Krakowskiej" bardzo krytycznie odniósł się do polityki Stanów Zjednoczonych wobec Iraku. Na koniec artykułu napisał - "jako prawnik mam nadzieję na nową Norymbergę".
Z kolei na początku kwietnia, podczas jednej z demonstracji antywojennych z udziałem około 200 młodych ludzi, prezydent Krakowa przyjął apel przeciwników wojny, którzy domagali się od radnych potępienia akcji zbrojnej w Iraku. Jacek Majchrowski powiedział wówczas zebranym: "Solidaryzuję się z tym apelem i uważam, że są państwo jedną z nielicznych grup, która ratuje honor tego miasta", co młodzi ludzie nagrodzili oklaskami.
Decyzję o wykluczeniu prezydenta Krakowa z delegacji witającej Busha podjęło Ministerstwo Spraw Zagranicznych.