Przyczyną śmierci papieża był szok septyczny i nieodwracalna zapaść sercowo-naczyniowa. Tak zapisano w akcie zgonu Jana Pawła Drugiego, opublikowanym przez biuro prasowe Watykanu.
W dokumencie podkreślono, że schorzeniem, które doprowadziło papieża do śmierci, była też choroba Parkinsona. Watykan zatem po raz pierwszy oficjalnie przyznał, ze JanPaweł Drugi na nią cierpiał.
W akcie zgonu, podpisanym przez osobistego lekarza papieskiego, doktora Renato Buzzonettiego, mówi się, że bezpośrednią przyczyną śmierci był szok septyczny i nieodwracalna zapaść sercowo-naczyniowa u pacjenta cierpiącego na chorobę Parkinsona. Papież miał też ostrą niewydolność układu oddechowego, która wymusiła zastosowanie tracheotomii, niezłośliwy przerost prostaty oraz zaburzenia pracy serca, powodujące nadciśnienie i niedokrwienie.
W akcie zgonu odnotowano, że śmierć stwierdzono po 20 minutowym badaniu za pomocą elektrokardiogramu.