W ocenie Krzysztofa Janika w obecnej sytuacji instnienie Funduszu nie ma racji bytu. Przypomniał on, że fundusz powstał jako rekompensata za utracone przez kościół mienie w latach 50. , a w latach 90. kościołowi zwrócono wiele majątku. Dlatego według Janika należałoby to wszystko podliczyć i porównać, jak to się ma do nieruchomości utraconych przez kościół w latach stalinizmu.
Z Funduszu Kościelnego opłacane są między innymi składki na ubezpieczenie społeczne 1/6 duchowieństwa.
Krzysztof Janik zapewnił jednocześnie, że SLD nie idzie na wojnę z kościołem. "Nie mamy zamiaru wyciągać w tej sprawie broni, musimy sobie powiedziec, w których obszarach będziemy szli razem, a w których będziemy się spierać" - powiedział Krzysztof Janik. Przejawem wojny z kościołem nie jest w jego ocenie złożony przez posłów Sojuszu w Sejmie projekt ustawy o świadomym rodzicielstwie, który dopuszcza aborcję na życzenie.
Konferencja na temat relacji państwa i kościoła zapoczątkowała cykl konferencji programowych SLD przed grudniowym kongresem partii.