Według opozycji, która zaskarżyła nowelizację do Trybunału jest to kolejna próba zmiany prawa, tak by lustracji uniknęli liderzy SLD podejrzani o zatajenie związków z wywiadem PRL .
Nowelizację ustawy lustracyjnej zaskarżyła grupa posłów, między innymi z Prawa i Sprawiedliwości oraz z Platformy Obywatelskiej.
W tej kadencji Sejmu jest to już drugi wniosek PO i PiS o zbadanie zgodności nowelizacji ustawy lustracyjnej z konstytucją. Poprzednią nowelizację, która także wyłączała z lustracji agentów wywiadu i kontrwywiadu Trybunał zakwestionował, ale z powodów proceduralnych, a nie merytorcznych.
3 października 2002 roku Senat głosami SLD-UP przyjął bez poprawek nowelizację ustawy, wyłączającą z lustracji agentów wywiadu, kontrwywiadu i służby ochrony granic. Senatorowie zaakceptowali tym samym własną inicjatywę ustawodawczą, bowiem to druga izba parlamentu byla inicjatorem zmian po tym, jak poprzednią nowelizację ustawy w tej samej sprawie z przyczyn proceduralnych zakwestionował Trybunał Konstytucyjny.
Poprzednia nowelizacja była powrotem do części zapisów wcześniejszej nowelizacji z lutego 2002 roku. Chodziło o wyłączenie spod lustracji wywiadu, kontrwywiadu oraz służb ochrony granic PRL. W czerwcu 2002 roku Trybunał Konstytucyjny uchylił nowelizację, uznając tryb jej uchwalenia za niezgodny z konstytucją. Orzeczenie było ostateczne. Wraz z jego opublikowaniem w dzienniku urzędowym mogło ruszyć około 20 procesów lustracyjnych (m.in. Józefa Oleksego i Marka Wagnera z SLD), które czekały na wyrok Trybunału.
Po orzeczeniu Trybunału SLD przeprowadził w Senacie przy sprzeciwie opozycji, ponowną nowelizację ustawy, wyłączającą spod lustracji wywiad, kontrwywiad i służby ochrony granic PRL. We wrześniu propozycje Senatu głosami SLD, UP oraz Samoobrony bez ważniejszych zmian przyjął Sejm.