Mueller zapewnił, że FBI to obecnie zupełnie inna instytucja, w pełni przygotowana do walki z terroryzmem. Ścisła współpraca z CIA, Departamentem Obrony i amerykańską policją; zwiększenie liczby agentów; oraz stworzenie nowego wydziału walki z terroryzmem to tylko niektóre dowody zmian.
Przeciwstawił się pociągnięciu do odpowiedzialności tych agentów FBI, którzy popełnili błędy nie zapobiegając zamachowi z 11 września 2001 roku.
W ciągu ostatnich 15-tu miesięcy FBI udaremniło również próby zamachów terrorystycznych na terenie Stanach Zjednoczonych. Wśród innych padło nazwisko Jose Padilli, amerykańskiego obywatela, który planował detonację bomby radioaktywnej.
Według ustaleń FBI na terenie Stanów Zjednoczonych znajduje się obecnie kilkaset terrorystów.
Choć Mueller nie ukrywał problemów w walce z terroryzem, okazał się najlepszym adwokatem kierowanej przez siebie instytucji. Powiedział między innymi: w wojnie z terroryzmem nie poprzestaniemy do momentu, kiedy wszyscy członkowie al-Kaidy nie zostaną schwytani.
