Autorzy nowelizacji uzasadniali, że wprowadza ona zmianę, która pozwoli ministrowi odwoływać wiceprezesów PAA w przypadku nieobsadzenia stanowiska prezesa agencji.
Do tej pory nie było to możliwe. Dotychczasowy zapis brzmiał: "Minister właściwy do spraw środowiska odwołuje, na wniosek Prezesa Agencji, wiceprezesów Agencji". W nowym brzmieniu ustawy usunięto sformułowanie "na wniosek Prezesa Agencji". Oznacza to w praktyce, że minister może odwołać wiceprezesów zarówno w sytuacji obsadzenia, jak i nieobsadzenia stanowiska prezesa.
Zmiany dotyczą też Rady BJOR, która działa przy prezesie PAA. Jest to organ opiniodawczy i doradczy. Dotychczas członków tej rady powoływał prezes agencji. Zgodnie z nowelizacją powoływać ich będzie minister środowiska - po zasięgnięciu opinii prezesa agencji.
Modyfikacje ustawy związane są również z możliwością odwołania członków Rady BJOR. Do tej pory jej nie mogli oni zrezygnować z pełnionej funkcji, a ich kadencja nie wygasała nawet w przypadku śmierci. Brakowało mechanizmu pozwalającego powoływać zastępstwo w przypadku np. poważnych problemów zdrowotnych. Dlatego w znowelizowanej ustawie określono zasady ustania członkostwa.
Projekt nowelizacji prawa atomowego złożyła grupa posłów PiS. Przeciw propozycji posłów partii rządzącej opowiedziały się kluby: PO, Kukiz'15, Nowoczesnej i PSL. Posłowie opozycji w czasie prac legislacyjnych wytykali, że znowelizowana ustawa dąży do centralizacji w zarządzaniu PAA i może doprowadzić do, jak to określono, "ubezwłasnowolnienia" prezesów agencji i Rady BJOR.
Odnosząc się do tych zarzutów sekretarz stanu w Ministerstwie Środowiska, Mariusz Orion Jędrysek, podkreślił, że resort pozytywnie ocenia nowelizację. Dodał, że ministerstwo będzie dbało o to, żeby Rada BJOR była neutralna politycznie i niezależna od prezesa PAA. W jej szeregach, jak zapewnił, zasiądą osoby, które nie mają bezpośrednich związków z polityką.
