Od 1 stycznia 2013 roku do 20 maja 2016 roku Instytut zawarł 41 umów na łączną kwotę ponad 3 milionów złotych, dotyczących opinii na temat środków ochrony roślin, a także oddziaływania nawozów i innych substancji na środowisko.
Umowy te zawarto z naruszeniem Kodeksu cywilnego, ponieważ podpisywała je dyrektor Instytutu Ochrony Środowiska z sobą samą jako osobą fizyczną, której zlecano wykonanie tych zadań. Rzecznik NIK Dominika Tarczyńska mówi, że były one nieprawidłowo zawierane, realizowane i rozliczane.
Instytut zawarł też trzy umowy na łączną kwotę ponad 1 miliona złotych, na weryfikację opracowanych przez siebie ocen na temat środków ochrony roślin. Realizację zleceń w powierzono wykonawcy na podstawie umowy cywilnoprawnej, pomimo że powinni to robić pracownicy Instytutu w ramach obowiązków wynikających z umowy o pracę.
NIK ustalił, że Instytut nie zapewnił merytorycznego nadzoru nad wykonaniem prac. Dotyczyło to każdej ze 159 zbadanych umów cywilnoprawnych. Do nieprawidłowości dochodziło także przy opracowywaniu opinii na temat oddziaływania nawozów lub środków wspomagających na środowisko. Do 22 kwietnia tego roku wszelkie opinie na ten temat wykonywała osobiście dyrektor Instytutu Ochrony Środowiska jako osoba fizyczna, m.in. na podstawie zawartych z Instytutem umów cywilnoprawnych.