Artysta stworzył własny styl, który został nazwany "szkołą Dunikowskiego". Do najbardziej znanych jego rzeźb należą: "Macierzyństwo", cykl "Kobieta brzemienna" oraz "Głowy wawelskie". Dunikowski jest też autorem portalu kościoła jezuitów w Krakowie.
Jego dzieła z okresu międzywojennego przyniosły mu wiele prestiżowych nagród i międzynarodową sławę. Z tego okresu pochodzą między innymi, rzeźby czterech ewangelistów na gmachu Seminarium Śląskiego w Krakowie oraz pomnik prezydenta Józefa Dietla z 1936 roku. Pomnik ten należy do najwybitniejszych prac Dunikowskiego i jest jednym z najlepszych na świecie.
Ostatnim dziełem monumentalnym powstałym według projektu artysty był Pomnik Żołnierza Polskiego na Muranowie w Warszawie z 1963 roku.
Xawery Dunikowski zmarł w 1964 roku. Dorobek artystyczny przekazał państwu. Muzeum monograficzne jego imienia powstało w 1965 roku w warszawskiej Królikarni.