8 września 1939 roku doszło do pierwszych walk z oddziałami niemieckimi. Dla księdza Zabłockiego stało się jasne, że Gniezno się nie utrzyma. Chcąc uniknąć dalszych ofiar i uchronić miasto przed zniszczeniem podjął decyzję o jego kapitulacji. 10 września wyjechał w kierunku Wrześni, by z dowódcą zbliżających się jednostek niemieckich omówić warunki poddania. Mimo białej flagi jego samochód został obrzucony granatami. Rannego kapłana przewieziono do gnieźnieńskiego szpitala, gdzie był brutalnie przesłuchiwany przez Gestapo. Miesiąc później, w nocy z 12 na 13 października został aresztowany i osadzony w więzieniu w Inowrocławiu. Sąd doraźny skazał go na podwójny wyrok śmierci: za czynny udział w Powstaniu Wielkopolskim oraz za organizowanie cywilnej obrony Gniezna. Został rozstrzelany 14 października.
