Arcybiskup Henryk Muszyński o tym, że przez pięć lat figurował w teczkach SB jako tajny współpracownik dowiedział się z dokumentów dostarczonych mu przez kościelną komisję historyczną. Arcybiskup utrzymuje, że ta wiadomość była dla niego zaskoczeniem. Mówi, że miał świadomość tego, że był inwigilowany przez służby bezpieczeństwa jednak nigdy nie podpisał żadnej deklaracji współpracy.
Na potwierdzenie swojej niewinności metropolita dotarł do funkcjonariusza, który prowadził jego teczkę i zdobył jego pisemne oświadczenie, że nie był współpracownikiem, służby bezpieczeństwa. Zdaniem metropolity SBek wciągnął go na listę współpracowników ponieważ chciał mu w ten sposób pomóc w uzyskaniu paszportu.
Arcybiskup Henryk Muszyński zapewnia, że jego sumienie jest czyste.