Jak wynika z zachowanych dokumentów - oficer SB w 1975 r. zarejestrował ks. Józefa Michalika, bez jego wiedzy i zgody, jako TW o pseudonimie "Zefir". Trzy lata później ks. Michalik został skreślony z ewidencji.
Komisja Historyczna stwierdziła, że nie ma żadnych materiałów SB, jakichkolwiek raportów, sprawozdań ani pokwitowań, podpisanych przez księdza Michalika. Brak tych materiałów nie pozwala zatem na szersze zajęcie się tą sprawą, a w tej sytuacji jakiekolwiek rozważania o świadomej czy nieświadomej współpracy bądź jej szkodliwości są bezprzedmiotowe. Z punktu widzenia formalno-prawnego nie ma w tej sprawie podstaw do stwierdzenia rzeczywistej współpracy.
Kościelna Komisja Historyczna sporządziła sprawozdanie dotyczące materiałów archiwalnych SB udostępnionych przez IPN 13 lutego.
Przekazała je arcybiskupowi Józefowi Michalikowi, który 14 lutego dwukrotnie spotkał się z Komisją w Warszawie. Podjął też decyzję o podaniu do publicznej wiadomości informacji o działaniach SB wobec jego osoby.
Abp Józef Michalik złożył do Kościelnej Komisji Historycznej wniosek o sprawdzenie materiałów SB w zasobach IPN w odniesieniu do jego osoby 4 stycznia. Poinformował o tym osobiście na konferencji prasowej 12 stycznia po nadzwyczajnym zebraniu biskupów diecezjalnych i Rady Stałej KEP.
