Benedykt XVI podkreślił, że staje przed społecznością akademicką Czech jako profesor posługujący się rozumem, ale zarazem jako papież, posługujący się wartościami religijnymi i etycznymi. Przypomniał słowa Jana Pawła II, który wiarę i rozum określał jako dwa skrzydła na których unosi się duch ludzki. Papież zaapelował, by nie oddzielać nauki od religii. Jak mówił, taki pozytywistyczny rozdział sprawia, że człowiek jest niezdolny do podjęcia dialogu kulturowego, którego nasz świat tak bardzo teraz potrzebuje. "Wierność człowiekowi wymaga wierności prawdzie" - dodał.
Benedykt XVI powiedział też, że tęsknota za wolnością i prawdą jest nieodłączną częścią człowieczeństwa. Dodał, że zarówno wiara, jak i filozofia, teologia czy życie artystyczne to właśnie poszukiwanie wolności i prawdy, a wyeliminowanie tego dążenia może być groźne dla ludzkości.
Papież podkreślił, że 20 lat temu Aksamitną Rewolucję w Czechach zapoczątkowały właśnie ruchy reformatorskie, które zrodziły się na uniwersytetach. Przypomniał też naukowcom o ich odpowiedzialności nie tylko za prawdę, ale i za formację młodzieży.
Spotkanie ze światem akademickim było ostatnim punktem drugiego dnia wizyty papieża w Czechach. Jutro Benedykt XVI odprawi mszę dla młodzieży w Starej Bolesławii. Po południu odleci do Rzymu.