Z ustaleń Komisji Historycznej Metropolii Warszawskiej wynika, że Nuncjusz Apostolski w Polsce, ksiądz Kowalczyk był inwigilowany przez SB i został potraktowany jako ,,kontakt informacyjny". "Rzeczpospolita" pisała, że informacje od obecnego nuncjusza papieskiego zbierał ten sam oficer, który rozpracowywał ojca Konrada Hejmo. Arcybiskup, mimo że nie jest członkiem Episkopatu Polski, poprosił Komisję Historyczną Metropolii Warszawskiej o zbadanie ewentualnych materiałów znajdujących się w Archiwum IPN dotyczących jego osoby.
,,Znamy dostatecznie długo i dobrze Księdza Arcybiskupa oraz jego wypróbowaną wierność Ojcu Świętemu i Kościołowi, by mieć moralną pewność, co do jego jednoznacznie negatywnej postawy wobec wszelkiej świadomej współpracy z zadeklarowanymi wrogami Kościoła" - piszą sygnatariusze dokumentu.
Autorzy podkreślają, że Komisja Historyczna Metropolii Warszawskiej oraz eksperci przeanalizowali materiały IPN dotyczące jego osoby. "Jednoznacznie stwierdzono, iż dokumenty nie dają podstaw do stwierdzenia faktu współpracy księdza prałata Józefa Kowalczyka z organami bezpieczeństwa".- czytamy w oświadczeniu.
Prezydium Konferencji Episkopatu Polski przypomina, że Józef Kowalczyk - jako pracownik Kurii Rzymskiej, a od 1978 roku kierownik Sekcji Polskiej Sekretariatu Stanu - był włączony do Zespołu Stolicy Apostolskiej do Stałych Kontaktów Roboczych z Władzami PRL. W związku z tym rozmowy z przedstawicielami władz PRL, w tym także z ich urzędowymi reprezentantami w Rzymie, należały do jego obowiązków. "Prowadzone były one przez niego w duchu służby Kościołowi, z zachowaniem zasad wymaganych w stosunkach międzynarodowych"- podkreślono w oświadczeniu.