Według wersji przedstawionej przez władze brytyjskie, jego samolot z powodu awarii spadł do morza w pobliżu Gibraltaru. Okoliczności katastrofy nie są jednak do końca jasne, dlatego wokół tej sprawy pojawiło się wiele teorii. Jedna z nich zakłada, że Sikorski padł ofiarą zamachu, zorganizowanego przez radzieckie służby specjalne.
Śledztwo, mające wyjaśnić przyczyny śmierci generała, prowadzi katowicki oddział Instytutu Pamięci Narodowej.
Rzecznik IPN Andrzej Arseniuk wyjaśnił w Programie Pierwszym Polskiego Radia, że Instytut miał wątpliwości co do dotychczasowej wersji okoliczności śmierci generała. Prokurator Instytutu, wydając postanowienie o wszczęciu śledztwa, wziął pod uwagę, że mogło dojść do zamachu. Andrzej Arseniuk uważa, że badania szczątków generała z użyciem najnowocześniejszych metod bardzo pomogą IPN w śledztwie.
Ekshumacja szczątków generała, spoczywającego w krypcie świętego Leonarda w Katedrze na Wawelu, rozpoczęła się rano. Operacja była trudna, bo w krypcie tej jest bardzo ciasno i trzeba było uważać, by nie uszkodzić znajdującej się obok romańskiej kolumny oraz sarkofagu Jana III Sobieskiego. W dodatku sarkofag Sikorskiego był już kilka razy klejony i eksperci obawiali się, by nie pękł ponownie. Otwieranie sarkofagu planowane na około osiem godzin, trwało jednak zaledwie kilkanaście minut. Trumnę zabezpieczono specjalnymi foliami.
Krótko po 14 trumnę, przykrytą biało - czerwoną flagą i udekorowaną wieńcem z biało - czerwonych, róż wyniosło z Katedry Wawelskiej sześciu żołnierzy. W krótkiej ceremonii wzięli udział przedstawiciele wojska, policji, a także duchowni. Delegat kardynała Stanisława Dziwisza, ksiądz Jacek Urban odmówił modlitwę. Ceremonii asystowała wojskowa orkiestra, przybyło też około stu krakowian.
Szczątki generała Sikorskiego badają w krakowskim Instytucie Medycyny Sądowej specjaliści, wśród nich prokuratorzy i technicy kryminalistyki. Przewidziano między innymi przeprowadzenie tomografii komputerowej. Eksperci pobiorą też próbki do dalszych badań, także badań DNA. Ich wyniki poznamy najwcześniej za miesiąc.
Trumna ze szczątkami generała wróci na Wawel jutro po południu.