Arcybiskup Józef Michalik zauważył, że dekomunizacja musi polegać na zmianie naszej mentalności. Jego zdaniem, w ludziach wciąż drzemie bowiem chęć szukania winnych podczas, gdy wina jest w nich samych.
Biskupi sprzeciwili się także lustracji opartej wyłącznie na dokumentach bezpieki. Zwrócili uwagę, że zostały one sporządzone przez agentów tych służb. Podkreślili także, że konieczne jest ujawnienie mechanizmów, według których działały komunistyczne służby bezpieczeństwa - dla poznania prawdy konieczna jest bowiem, między innymi, rzetelna analiza dokumentów.
Z kolei metropolita krakowski kardynał Stanisław Dziwisz powiedział, że nie boi się wyników lustracji wśród księży. Jego zdaniem, system komunistyczny rodził bowiem wielu męczenników i bohaterów. Krakowski metropolita zuważył, że byli także ludzie, którzy dali się złamać bezpiece. Jego zdaniem, taki był jednak właśnie ten system.
Kardynał Dziwisz podkreślił jednocześnie, że kościół nie chce nikogo skrzywdzić lustracją, dlatego chce, by była ona rzetelna.