Komisja pod przewodnictwem księdza doktora Andrzej Gałka, stwierdziła, że dokumenty IPN nie zawierają żadnych przesłanek wskazujących na współpracę księdza Kowalczyka z organami bezpieczeństwa PRL.
Z analizy materiałów wynika, że ksiądz od 1963 roku był inwigilowany przez Służbę Bezpieczeństwa. Po wyjeździe do Rzymu, znalazł się w 1971 roku w orbicie zainteresowania wywiadu - Departamentu I Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. W 1982 roku został zarejestrowany przez Wydział III Departamentu I MSW jako kontakt informacyjny o kryptonimie ,,Cappino". Pod datą 3 stycznia 1990 r. widnieje informacja o zniszczeniu całości materiałów ,,z powodu ich nieprzydatności operacyjnej."