W kwietniu 2005 roku sąd lustracyjny pierwszej instancji orzekł, że Moczulski jako tajny współpracownik o pseudonimie "Lech", współpracował z SB w latach 1969-1977 i brał wynagrodzenie za informacje przekazywane m.in. na temat swoich kolegów. W 2002 roku sąd II instancji uchylił ten wyrok i zwrócił sprawę do pierwszej instancji.
Moczulski twierdził, że ciążące na nim zarzuty są nieprawdziwe i chciał, by sąd drugiej instancji oczyścił go od zarzutu współpracy z SB. Jego zdaniem, w 1984 roku władze ZSRR poleciły ówczesnym władzom polskim by "zrobiły porządek z opozycjonistą Leszkiem Moczulskim".
Były lider Konfederacji Polski Niepodległej wystąpił o przeprowadzenie autolustracji w marcu 1999 roku, gdy znalazł się na tak zwanej liście Macierewicza. Była to lista sporządzona przez ówczesnego ministra spraw wewnętrznych Antoniego Macierewicza, na której figurowały nazwiska domniemanych agentów UB i SB.
