Był to precedens, bo w dyplomacji watykańskiej, poza Włochami, nie zdarzało się, by nuncjuszem zostawał obywatel danego kraju. Swoją posługę arcybiskup Kowalczyk zawierzył Maryi.
Jan Paweł II wyniósł go jednocześnie do godności arcybiskupa tytularnego Heraklei. Jako dewizę posługi biskupiej arcybiskup Kowalczyk wybrał słowa: Fiat voluntas Tua (Bądź wola Twoja). Jako główne zadania dla pierwszego po II wojnie światowej nuncjusza apostolskiego w Polsce Jan Paweł II wyznaczył uzgodnienie i podpisanie konkordatu oraz przeprowadzenie podziału administracyjnego Kościoła w kraju.
Listy uwierzytelniające nowy nuncjusz apostolski w Polsce złożył ówczesnemu prezydentowi Wojciechowi Jaruzelskiemu 6 grudnia 1989 roku w Warszawie.